rTMS is een erkende en veilige behandeling waar de meeste patiënten weinig last van hebben. De overgrote meerderheid (90-95%) van de patiënten heeft geen last van bijwerkingen. In enkele gevallen kan er hoofdpijn voorkomen, meestal kortdurend en licht van aard en te verhelpen met pijnstillers zoals paracetamol. Een gering aantal patiënten heeft kortdurend last van een licht gevoel in het hoofd. Verder kan het soms voorkomen dat de patiënt spiertrekkingen in het gezicht ervaart tijdens de rTMS behandeling. In zeer zeldzame gevallen (bij minder dan 0,003% van de patiënten) kan er een epileptische aanval optreden.