Het gevoel tijdens de rTMS behandeling kan wellicht het beste omschreven worden als het herhaaldelijk tikken van een vinger op uw hoofd. Dit komt doordat er kleine spiertjes of zenuwen in uw hoofdhuid gestimuleerd kunnen worden. De magnetische pulsen kunnen in een enkel geval als pijnlijk worden ervaren. Verder maakt de spoel een klikkend geluid bij elke magnetische puls, wat als luidruchtig ervaren kan worden. U zult daarom oordopjes dragen tijdens de rTMS behandeling. Tenslotte is het mogelijk dat u lichte spiertrekkingen in uw gezicht ervaart. In het algemeen wordt de rTMS behandeling zeer goed getolereerd door patiënten.